La fotosíntesis conduce a otro aspecto que tiene cada día mayor trascendencia: el cambio climático. Este fenómeno es ocasionado por las altas emisiones a la atmósfera del conjunto de gases efecto invernadero. (Lea: Relación entre fotosíntesis y ganadería)

Estos actúan en la atmósfera actúan como un invernadero que retiene el calor que de otro modo, escaparía al espacio exterior.

El principal gas responsable del cambio climático es el CO₂, dióxido de carbono, cuyas concentraciones se han incrementado en la atmósfera en los últimos 200 años, principalmente por la utilización de combustibles fósiles como lo son el petróleo y sus derivados, así como el carbón mineral y el gas natural.

Cuando se hace combustión de estos combustibles, se libera el CO₂ a la atmósfera y se incrementa su nivel. Otros gases como el metano y los óxidos de nitrógeno forman parte también de los llamados gases de efecto invernadero, pero su participación es menor en comparación con el del CO₂.

Los sistemas silvopastoriles pueden jugar un rol muy importante en nuestra lucha contra el cambio climático, pues en este caso, la base del crecimiento de las plantas es la fotosíntesis, pues esta fundamentalmente es la responsable de la captura de CO₂, es decir, que las vegetaciones tomen aire; de esta manera los árboles contribuyen a disminuir las concentraciones de dióxido de carbono en la atmósfera.