Una particularidad del ensilaje es que se desarrolla en un medio húmedo. A diferencia de lo que ocurre con otros métodos de conservación, en el silo pueden desarrollarse muchas poblaciones de microorganismos, en su mayoría potenciales consumidores del alimento que se quiere conservar como se explica en un artículo escrito por Cecilia Cajarville y José Luis Repetto. (Lea: Todo lo que debe saber del ensilaje para ganado bovino)

Luego de la fase inicial, la fase de fermentación se desarrolla en un medio anaerobio. En esta etapa se dan reacciones catabólicas de oxidación incompleta, en las que participan bacterias lácticas, que oxidan parcialmente los carbohidratos solubles del vegetal, obteniendo de esto energía, dando como producto final acido láctico.

Debido a la producción de ácidos durante la fermentación el pH baja, lo que impide el desarrollo de los microorganismos, permitiendo así la conservación del material. Este proceso tiene una duración variable entre 7 y 21 días.

Por ejemplo, en un trabajo realizado por los autores se evalúa la fermentación ruminal de una serie de praderas con sus respectivos ensilajes se observó que los silos eran menos fermentables, y que su fermentación era más lenta que el correspondiente forraje fresco.

Esto puede explicarse por la pérdida de los azucares que fueron utilizados por los lactobacilos durante el proceso de ensilaje. Sin embargo, hay suficiente información como para sostener que, además de los azucares, la fibra de alta calidad es otro de los componentes que perderían en los materiales ensilados.

Uno de los afectos reportados consistentemente es el aumento de concentración de fibra en los forrajes ensilados. Esto se vincula a la pérdida de los nutrientes más fermentables y solubles. Los primeros se pueden ejemplificar con los azucares que se utilizan en el proceso de fermentación y los segundos con las proteínas y otros componentes que se pierden por efluentes.